Da Flughäfen gegenüber ihren Kunden, den Fluggesellschaften, über (regionale) Monopolstellungen verfügen, hat die Europäische Union am 15. März 2009 eine Richtlinie zur Regulierung von Flughafenentgelten verabschiedet (RL 2009/12/EG). Die Umsetzung in deutsches Recht erfolgte im Mai 2012. Die Vorgaben der europäischen Richtlinie sind seither im § 19b des deutschen Luftverkehrsgesetzes (LuftVG) verankert. Danach müssen Flughäfen ihre Entgeltordnungen von einer unabhängigen Behörde genehmigen lassen.
Eine Genehmigung der Entgelte kann nur erteilt werden, wenn die Entgelte nach geeigneten, objektiven, transparenten und diskriminierungsfreien Kriterien geregelt sind. Zu den genehmigungspflichtigen Entgelten zählen u.a. Start- und Landeentgelte, Passagierentgelte, Positions- und Abstellentgelte, NOX-, Lärm- und Schallschutzentgelte sowie Sicherheitsentgelte. Flughäfen mit mehr als 5 Mio. Passagieren p.a. müssen nachweisen, dass zwischen ihren Entgelten und den Kosten ein angemessenes Verhältnis besteht und sie sich an einer effizienten Leistungserstellung orientieren.
Eine wirksame Prüfung der Entgelte ist für die Fluggesellschaften von großer Bedeutung; schließlich zahlten sie 2019 einen Betrag von 3,2 Mrd. EUR als Flughafenentgelte an die Flughafenbetreiber. Flughafenentgelte sind damit ein entscheidender Kostenfaktor für die Airlines und haben einen Anteil von rund 20 Prozent an den Kosten eines Flugtickets. Lange Zeit war unklar, welche Rechte Fluggesellschaften in dem Genehmigungsverfahren haben. Der EuGH und das Bundesverwaltungsgericht haben am 21.11.2019 und am 03.06.2020 entschieden, dass auch den Fluggesellschaften im Genehmigungsverfahren Beteiligtenrechte und Rechtsmittel zustehen. Die Fluggesellschaften können seither die Entscheidungen der Genehmigungsbehörden vor den Verwaltungsgerichten anfechten.