Für bestimmte Themen- und Aufgabenfelder bildet der BDF aus den Reihen seiner Mitglieder ständige oder zeitlich befristete Arbeitsgruppen. Zu den ständigen Arbeitsgruppen des BDF gehören derzeit die AG Infrastruktur und Wirtschaft sowie die AG Entgelte. Die Mitglieder der Arbeitsgruppen wählen aus ihrer Mitte jeweils eine/n Vorsitzende/en.