Sicherheit ist das höchste Gut im Luftverkehr. Die Fluggesellschaften des BDF gehören zu den sichersten Airlines der Welt und belegen regelmäßig Spitzenplätze in weltweiten Sicherheitsrankings. 2017 war das bislang sicherste Jahr in der Geschichte der zivilen Luftfahrt und nirgendwo ist es sicherer mit dem Flugzeug unterwegs zu sein als in Europa.
Sicherheit bedeutet zum einen die Sicherheit des Flugbetriebs (Safety). Dabei geht es in erster Linie darum, für die technische und operative Sicherheit der Flugzeuge zu sorgen. Flugzeuge werden durch Luftfahrtbehörden zugelassen und kontrolliert. Auf nationaler Ebene ist in Deutschland das Luftfahrt-Bundesamt (LBA) zuständig, während auf europäischer Ebene die European Union Aviation Safety Agency (EASA) zuständig ist. Zum anderen sorgen Flugsicherungsorganisationen wie bspw. die DFS Deutsche Flugsicherung GmbH für die reibungslose Abwicklung der Flüge bei Start, Flug und Landung.
In einer Situation der weltweiten Bedrohung durch den Terrorismus bekommt die Sicherheit gegen Gefahren, die von außerhalb des Luftverkehrs absichtlich und kriminell herbeigeführt werden, einen immer höheren Stellenwert (Security). Um diese Gefahr abzuwehren, finden an den Flughäfen Kontrollen von Passagieren, Mitarbeitern und Warenzulieferungen statt.
In Deutschland obliegen die Passagierkontrollen den Polizeien des Bundes oder der Länder. Für jeden kontrollierten Passagier entrichten die Fluggesellschaften Luftsicherheitsgebühren an den Staat. Für die Sicherheitskontrollen von Personal wie Flugzeugcrews und Flugzeugtechnikern sind die Flughäfen verantwortlich. Die dafür von den Fluggesellschaften erhobenen Sicherheitsentgelte sind Teil der genehmigungspflichtigen Flughafenentgelte.